Сюжет продолжает рассказывать историю о самураях, которые выживают в условиях нашествия Аманто. Эти инопланетные захватчики наводнили Эдо и везде установили ограничения. Кроме того, они запретили всем самураям иметь при себе настоящее оружие. Однако герой Гинтоки не собирается сдаваться. С помощью деревянной катаны бывший прославленный воин продолжает давать отпор наглым пришельцам, а заодно подрабатывает, выполняя разные поручения. У него есть команда из непомерно сильной девочки Кагуры, очкастого юноши-отаку Шинпачи и огромной собаки Садахару. Вместе они называются Ёродзуя и берутся за любые задания, будь то поиск потерявшегося питомца или спасение целого района. Кроме того, у них есть множество не менее талантливых, но весьма странных родственников и друзей. Все они периодически обращаются к Ёродзуе за помощью, но и сами не оставляют троицу в беде.
В новом сезоне герои продолжают ожесточенно бороться с инопланетными врагами. Они сражаются против Эншо, потерявшего собственную империю из-за врат Алтаны, которые привели к катастрофе на его планете. Бои в космических просторах ведут друзья Гинтоки, среди которых Сакамото и Кацура. Они объединились с сегуном Нобу-Нобу и принцом Хатой, а также адмиралом Шиджаку. Даже Такасуги Шинскэ, давний враг и прежний соратник героев, вступил в бой на одной стороне с былыми друзьями. А на земле Гинтоки с остальными прикладывают все силы, чтобы вызволить город Эдо из лап армии освобождения Алтаны. Как всегда, герои проявляют невероятную стойкость и стремятся спасти свою планету.
